Впервые Никоновская церковь была возведена в XVII столетии благодаря Патриарху Филарету Никитичу с целью возрождения села Варварского после разорения в период Смутного времени.Предшествовало такому важному решению событие, связанное со сложными перипетиями. После свержения князя Василия Шуйского будущий Патриарх Филарет стал активным сторонником семибоярщины. Участвуя в 1611 году в переговорах под Смоленском с польским королем Сигизмундом III, он отказался подписать предложенный поляками вариант договора о будущем государственном устройстве, после чего был арестован. Лишь спустя несколько лет Филарет был освобожден в порядке обмена пленными.
Патриарх считал свое освобождение из польского плена делом заступничества Святой Троицы, поэтому власти Троице-Сергиевского монастыря взяли под свое покровительство село Варварское, решив начать его восстановление с возведения погостового ансамбля: высотной шатровой холодной Троицкой и теплой деревянной клетской Никоновской церкви с пятью колоколами. Как известно, преподобный Никон был ближайшим учеником Сергия Радонежского, поэтому свое имя храм получил закономерно.
Центр нижегородских владений Троице-Сергиева монастыря в середине XVII столетия был широко известен в стране. Из Нижнего Новгорода в село Варварское была проложена специальная грунтовая дорога, а для местных ямщиков в Поверстной книге была определена и особая плата за прогон — 40 верст пути.
В конце XIX века Никоновская церковь в силу ее ветхости была разрушена, и в 1905 году было принято решение построить на ее месте новый кирпичный храм. В 1909 году возведение его было завершено. По архитектурным формам это был односветный четверик, завершавшийся декоративной главкой, с пятигранным алтарем. На момент постройки приход церкви состоял из жителей села Варварское и Прокошево. Позже к ним присоединились села Долгая Долина, Игрищи и Семенищи.
В 30-е годы XX века храм был официально закрыт, а здание передано колхозу.
Долгое время церковь использовалась как склад, а ее имущество было присвоено советской властью. С 60-х годов храм пустовал и начал разрушаться: крыша полностью обвалилась, окна были выбиты, деревянный пол провален. Однако стены и кирпичные своды потолка хорошо сохранились, обрешетка на окнах тоже была в хорошем состоянии.
Восстановление Никоновского храма началось весной 2014 года с расчистки территории. 5 апреля 2014 года здесь был совершен первый молебен. 3 марта 2016 года на храм установлены кресты и купола. 30 ноября 2018 года, в день памяти преподобного Никона Радонежского, состоялась первая за 80 лет со дня закрытия храма Божественная литургия.
13 августа 2022 года состоялось Великое освящение храма в честь преподобного Никона, игумена Радонежского. Чин Великого освящения совершил митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий.
Преподобный Никон — ученик преподобного Сергия Радонежского. Родился в Юрьеве-Польском. В юном возрасте, услышав об Ангельской жизни преподобного Сергия и желая последовать ему, святой пришел к этому святому и просил приобщения к лику монашествующих. Преподобный Сергий, провидя в нем будущего великого подвижника и испытывая его смирение и терпение, отослал святого Никона к своему ученику преподобному Афанасию Высоцкому. Там преподобный Никон учился умному деланию, изучал Священное Писание и преуспевал в добродетели и чистоте.
Возведенный в сан иеромонаха, преподобный Никон вернулся в Троице-Сергиеву лавру и стал любимым и близким учеником преподобного Сергия. Видя духовную зрелость и опытность преподобного Никона, преподобный Сергий перед смертью назначил его своим преемником.
Став игуменом, преподобный Никон поддерживал все, что было установлено учителем: любил молитву и пост, трудился наравне с братией, о которой постоянно с любовью заботился.
При преподобном Никоне 5 июля 1422 года, во время строительства нового храма во имя Живоначальной Троицы, были обретены нетленные мощи преподобного Сергия Радонежского.
После многих трудов и подвигов преподобный Никон скончался 17 ноября 1426 года и был погребен близ раки своего учителя. В 1560 году над могилой преподобного был построен храм во имя его. Мощи преподобного Никона, почивающие здесь под гробницей, отделяются от раки великого Сергия одной каменной стеной.
