Первые упоминания об Алешкове относятся к временам Ивана Грозного, здесь было ямское поселение. Поэтому и местный храм построили в честь Смоленской иконы Божией Матери, «Одигитрии» – покровительницы путников.
До середины XIX века здесь была деревянная церковь, которая сгорела. На ее месте в 1869 году был построен каменный храм в честь Смоленской иконы Божией Матери. В новой каменной церкви освятили два престола. Главный – в честь Смоленской иконы Божией Матери, правый – в честь святых Флора и Лавра, покровителей скота и домашних животных.
Рядом с храмом находился постоялый двор, где путники отдыхали и меняли лошадей. По общерусской традиции рядом с храмом 31 августа, в день памяти Флора и Лавра, освящали лошадей.
В 1937 году настоятель Смоленской церкви иерей Димитрий Станиславский был приговорен к расстрелу тройкой НКВД. Храм был закрыт, но руководители колхоза не позволили его разрушить. Сначала в здании церкви располагался склад, а затем спортзал.
В 2000 году храм вернули православной Церкви. В 2009 году, с приходом нового настоятеля – протоиерея Николая Челленяка начались активные работы по восстановлению храма. Была возведена новая кровля над храмом, построена купель для крещения, восстановлена колокольня, сделан кованый забор, завершились работы по росписи иконостаса, свода и стен.
11 ноября 2021 года митрополит Георгий совершил Великое освящение храма.
